Métodos moleculares de estudio de las poblaciones de pseudomonas stutzeri

Resumen

Pseudomonas Stutzari es un microorganismo común en diveros hábitats y ha recibido una especial atención debido a sus especiales capacidades metabólicas como degradador de compuestos aromáticos (Garcia-Valdés et al.,1988). Se han diseñado métodos moleculares que permiten la identificaión y el seguimiento de P. Stutzari en muestras naturales. La identificaión de P. Stutzaeri se consiguió utilizando cebadores específicos para amplificar el gen rDNA 16S seguido por el análisis RFLP ("restrction frament length polymorphism") al tratar los productos de PCR con la endonucleasa BamHI. Por otra parte, se han utilizado métodos molecualres de tipado basados en la amplificaicón por PCR con cebadores para secuencias consenso derivadas de regiones invertidas repetidas palindrómicas altamente conservadas encontradas en enterobacterias (ERIC). Finalmente, se ha utilizado un método de Western Blot y "fingerprinting" inmunológico para la diferenciación de las cepas de P. Stutzeri. La asignación de las cepas a una genomovar determinada se ha conseguido de una manera rápida y fácil mediante amplifiación por PCR de las regiones espaciadoras intrgénicas 16S-23S rDNA (ISR) y su poserior análisis por RFLP tras la digestión con el enzima de restricción TaqI. Además, se han secuenciado estas regiones y, después de su análisis, se ha comprobado que los grupos obtenidos conciden perfectamente con cada una de las genomovares de P. Stutzeri. Se han utilizado las técnicas de ecología microbiana molecular para hacer un seguimiento de la cepa degradadora de naftaleno AN10 en la biorremediación en un modelo experimental de microcosmos de sedimiento marino contaminados con salcilato, naftaleno o queroseno JetA1. Para ello se ha utilizado el análisis por DGGE de dos genes, el rRNA 16S y el gen catabólico nhAC, involucrado en la oxidación inicial del naftaleno a 1,2 dihidroxinaftaleno.