Diseño de un nuevo algoritmo para búsqueda de patrones en secuencias biológicas

Resumen

Se han diseñado un conjunto de algoritmos basados en autómatas deterministas finitos especialmente orientados a secuencias biológicas: 1- Autómata para búsqueda de patrones exactos 2- Autómata traductor: traduce todas las "reading-frames" pasando cada letra de la secuencia una sola vez por el autómata. 3- Autómata para comprimir textos 4- Autómata contador: cuenta todas las K-tuplas solapantes. 5- Autómatas busca-palabras compartidas: especialmente orientados a la búsqueda de similitudes locales dispersas independiente de alineamiento. Todas estas herramientas son especialmente útiles estudiando secuencias biológicas para buscar patrones nuevos con significado funcional, para caracterizar grupos de secuencias y para buscar similitudes locales dispersas que pueden estar en la base de fenómenos de evolución convergente, mimetismo molecular y fenómenos autoinmunes. Se han aplicado las máquinas busca-palabras compartidas para detectar una Relación entre la APP(proteína precursora de amiloide) y el BDNF (factor de crecimiento nervioso) que podría tener importantes repercusiones.