Evaluación de métodos moleculares para el diagnóstico de las infecciones de transmisión sexual y resistencia antibiótica de Mycoplasma genitalium

Resumen

En el primer capítulo se realizó una comparación entre técnicas basadas en PCR en tiempo real (RT-PCR) y Amplificación mediada por transcripción (TMA), para el diagnóstico de las ITS. Se analizaron un total de 622 muestras clínicas procedentes de diferentes localizaciones anatómicas utilizando ambos métodos. Se encontró un total de 88 (14,1%) y 66 (10,6%) muestras positivas para cualquiera de los ensayos TMA utilizados y para el ensayo RT-PCR, respectivamente. Los ensayos TMA mostraron una tasa ligeramente superior de resultados positivos para todos los patógenos, excepto para T vaginalis. El patógeno detectado con mayor frecuencia fue C. trachomatis (37 muestras; 5,9% con los ensayos TMA) y el lugar anatómico con mayor prevalencia de microorganismos fue un lugar no urogenital, la faringe (27 muestras positivas; 4,3%). Utilizando los ensayos TMA como método de referencia, la comparación mostró que la especificidad media de la RT-PCR multiplex era del 100% para los cuatro patógenos. Sin embargo, se observó una sensibilidad media del 74,5%, mostrando un 95,2% (CI95%; 93,6-96,9) de concordancia global (κ = 0,80) de la RT-PCR frente a las técnicas por TMA. En el segundo capítulo se evaluó el rendimiento clínico de un nuevo método de diagnóstico de ITS mediante el uso de microarrays (kit STD Direct Flow Chip), en dos etapas diferentes: (i) a partir de ADN purificado de trescientos cincuenta y ocho especímenes clínicos, con una sensibilidad y especificidad diagnósticas del 99,4% y el 100%, respectivamente, y una concordancia del 99% (índice kappa, κ = 0,97) con el método de referencia, y (ii) por PCR directa a partir de seiscientos treinta y tres especímenes, con valores de sensibilidad, especificidad y concordancia del 98,4%, 99,9% y 98,0% (κ = 0,95), respectivamente. En el tercer capítulo nos centramos en el estudio de las resistencias a antimicrobianos en M. genitalium (MG), del cual se desconocen las tasas de resistencias en nuestro medio. Para ello, se analizaron muestras positivas para MG recogidas entre junio de 2018 y junio de 2019 mediante la secuenciación de los genes 23S ARNr y parC. Se incluyeron un total de 77 pacientes (24 hombres que tienen sexo con hombres (HSH), 30 hombres heterosexuales y 23 mujeres), que mostraron mutaciones asociadas a la resistencia a macrólidos y fluoroquinolonas en el 36,4% (IC 95%: 25,7% a 48,1%) y el 9,1% (IC 95%: 3,7% a 17,8%) de los pacientes, respectivamente. Ser HSH y haber tenido otra ITS en el último año se asoció significativamente con la infección por MG resistente a los macrólidos, mientras que no se encontró ninguna asociación con la resistencia a las fluoroquinolonas.