Catalogación, análisis y validación de los tipos nomenclaturales del herbario de la universidad de Granada

Resumen

El avance de las nuevas tecnologías en las últimas dos décadas ha cambiado radicalmente la forma de llevar a cabo investigaciones taxonómicas, recopilaciones y catálogos de especies. Superado el reto de finales del siglo XX de incorporar todo tipo de informaciones en bases de datos, digitalizar los textos científicos e informatizar los especímenes de colecciones de historia natural, nos encontramos ante un panorama totalmente distinto al que tenían los botánicos de siglos pasados. Hoy en día, los herbarios, colecciones de historia natural, bibliotecas de diversa índole, etc., garantes de la conservación de sus fondos y encargados de facilitar su consulta a los investigadores, han experimentado un profundo cambio en su metodología de trabajo que debe adaptarse a las necesidades y requerimientos actuales. En este sentido, la accesibilidad en línea y la interoperabilidad de datos, archivos o formatos digitales entre repositorios o portales de integración, y entre éstos y los distintos dispositivos y formatos de salida de las consultas, son objetivos prioritarios para las instituciones que albergan las más diversas informaciones científicas, desde un código genético a un organismo, o desde un dato a un texto científico o cualquier tipo de imágenes científicas. El Herbario de la Universidad de Granada, comprometido con los retos que la aplicación de las nuevas tecnologías de la información impone a las colecciones de historia natural, ha incorporado los conceptos, técnicas y protocolos, acordes con las nuevas formas de acceso y uso de los datos de las colecciones, para garantizar el servicio que ha de prestar a la comunidad científica, investigadora y gestora. En los últimos años su esfuerzo se ha centrado en el desarrollo del catálogo virtual de los tipos nomenclaturales con el objeto de garantizar su conservación, además de facilitar su accesibilidad a través de portales de integración de datos e imágenes. Sin embargo, el catálogo general de los tipos nomenclaturales custodiados en el Herbario todavía estaba pendiente dada la heterogeneidad de sus colecciones, que provienen de los herbarios GDA y GDAC, con distinta procedencia, datación, grupos taxonómicos y tratamiento curatorial. Los cambios introducidos durante el siglo pasado en los requisitos establecidos por el Código Internacional de Nomenclatura ([1] McNeill et al., 2012) para la designación de los especímenes tipo y la publicación de nuevas especies, también ha contribuido a que exista este diferente tratamiento curatorial. Con el desarrollo de esta tesis se ha llevado a cabo un análisis en profundidad de ambas secciones y de sus colecciones históricas, con el objeto de desvelar la existencia de tipos nomenclaturales cuyo depósito en el herbario era desconocido. En este sentido, no es hasta 1990 cuando se hace obligatorio especificar el herbario, colección o institución donde se conserva el tipo de un nuevo taxón (según el Art. 40.7 del Código Internacional de Nomenclatura). Aunque la mayoría de las publicaciones anteriores a 1990 no incluyen este dato, la adopción de buenas prácticas curatoriales en el etiquetado, registro y diferenciación de los formatos de los tipos nomenclaturales, ha permitido localizar muchos de estos especímenes. El resto han tenido que ser localizados mediante la búsqueda y revisión bibliográfica referentes a las colecciones históricas implicadas. Posteriormente, se ha realizado la verificación de todos los tipos incluidos en el catálogo, comprobando con los protólogos de sus publicaciones los nombres de los taxones, autores, lugar y fecha de publicación, su estatus nomenclatural, la categoría de tipo de cada uno de los ejemplares, la localización de otros ejemplares de la serie típica y su estatus taxonómico. También se ha completado el tratamiento curatorial aplicado a todos los tipos catalogados y se han uniformizado los formatos y sus informaciones. Durante el proceso de verificación de estas informaciones se ha puesto de manifiesto la existencia de errores en las bases de datos y se ha procedido a su corrección, lo que ha contribuido al proceso de limpieza y validación de las bases de datos correspondientes. En esta verificación se han descatalogado los tipos correspondientes a un taxón de briófitos y ocho de plantas vasculares cuyos nombres no habían sido publicados de forma efectiva y válida (según Art. 29-30 y 32 del Código) y se han validado otros cuatro tipos mediante la publicación válida de la tipificación de sus nombres. También se ha detectado la ausencia de diez tipos correspondientes a seis taxones de plantas vasculares citados en la discusión. En total se han catalogado 533 tipos nomenclaturales de plantas vasculares, cuatro de algas macroscópicas, 142 de hongos y cuatro de líquenes. De ellos, se han detectado 293 tipos de plantas vasculares y 42 de hongos tras el estudio de las colecciones históricas incluidas en GDA y la revisión exhaustiva de la colección Fungi. También se ha producido la incorporación de 32 nuevos tipos en la colección de vasculares y 54 tipos de hongos en GDA-Fungi correspondientes a la publicación de nuevos taxones durante el periodo de elaboración de la presente tesis doctoral. Los catálogos resultantes se presentan en el capítulo de resultados, así como el análisis previo de cada colección estudiada y cómo se ha llevado a cabo la elaboración de cada catálogo. Como resultado de la revisión y catalogación realizada sobre la colección de algas, se ha publicado la tipificación de dos de los taxones catalogados en el artículo “Typification of algae described by Simón de Rojas Clemente y Rubio deposited at the Herbarium of the University of Granada (Spain)”, ([2] Vizoso & Cremades, 2016) en Phytotaxa 275(1): 45-54 (https: //www.biotaxa.org/Phytotaxa/article/view/phytotaxa.275.1.5). De igual manera, la revisión de la colección histórica de Amo y Mora dio lugar a la publicación del conjunto de tipos de los nombres propuestos por Amo y Mora, con el objeto de dar a conocer su ubicación en el herbario y aclarar ciertas imprecisiones sobre sus protólogos y publicaciones arrastradas desde entonces ([4] Vizoso & Quesada, 2018). Sobre todos los tipos catalogados se aplicó el protocolo establecido para la toma de imágenes digitales, siguiendo los estándares en cuanto a la captura, tratamiento, formatos y metadatos. De igual manera, se han obtenido los juegos de datos relativos a los tipos en formato Darwin Core 1.4 y Darwin Core Archive y se han transferido las imágenes y los juegos de datos y sus metadatos a los servidores respectivos de imágenes, datos e IPT (Integrated Publishing Toolkit) de GBIF.ES. Los juegos de datos y los metadatos correspondientes a los catálogos de tipos han sido indexados en los portales nacional e internacional de GBIF. El juego de datos correspondiente al catálogo de tipos nomenclaturales de hongos y líquenes (doi:10.15468/2a7kqy) se ha hecho accesible en https://ipt.gbif.es/resource?r=gda-fungi-tipos, e indexado en el portal internacional GBIF.org (https://www.gbif.org/dataset/7ac0504d-0230-4029-afbe-04657ae47c48). Además, éste se ha publicado como artículo de datos (data paper) ([3] Vizoso & Quesada, 2015) en Biodiversity Data Journal 3: e5204 (13 Jul 2015), accesible en https://doi.org/10.3897/ BDJ.3.e5204, lo que amplía el público al que llega la información sobre la existencia de este juego de datos y de los materiales tipo. De igual manera, se ha publicado el juego de datos correspondiente al catálogo de tipos de plantas vasculares (doi:10.15470/k97bjm), accesible, a través de la IPT y el portal nacional GBIF.ES, en https://ipt.gbif.es/resource? r=gda-vascular-tipos&v=1.0 y en el portal internacional GBIF.ORG https://www.gbif. org/dataset/bcabcfcc-b613-43b6-b0bd-4c79ecc396da. Los catálogos elaborados se han hecho accesibles en la página web del Herbario de la Universidad de Granada (http://herbarium.ugr.es/pages/imagenes/tipos-nomenclaturales). Para cada catálogo se presenta la relación de tipos de cada taxón y, para cada uno de éstos, su lugar de publicación que se ha vinculado a la diagnosis y/o descripción e indicación locotípica disponibles en algún repositorio o, en su defecto, se ha vinculado al PDF de la parte correspondiente al protólogo. En el caso de los hongos también se han incluido las descripciones macro y microscópicas, imágenes a microscopio electrónico de barrido o del ejemplar en la naturaleza y se han vinculado a través de su número de acceso a las secuencias génicas depositadas en los repositorios Genbank o EMBL (European Molecular Biology Laboratory). Los frutos más destacados de la presente memoria doctoral han sido, de una parte la localización, verificación y validación de los materiales tipo depositados en el herbario, y de otra la catalogación y accesibilidad a los tipos nomenclaturales, a sus publicaciones, sus datos y sus imágenes en el mismo punto de acceso, facilitando la revisión de investigadores y taxónomos. La integración de los datos e imágenes en portales de ámbito nacional e internacional favorece el conocimiento y localización de los tipos y de las colecciones e instituciones que los custodian, mejorando el tiempo de respuesta y de búsqueda de los materiales requeridos para muchas investigaciones.