Caracterización clínica, epidemiológica y factores de riesgo para la infección/colonización por Enterobacterales productores de carbapenemasa

Resumen

Objetivo: Realizar una caracterización microbiológica, clínica, epidemiológica y de los factores de riesgo de la infección/colonización por Enterobacterales productores de carbapenemasas en Ecuador (EPC), en Ecuador y en un hospital de España, con especial atención a K. pneumoniae. Metodología: Para determinar la colonización por EPC, se obtuvo semanalmente frotis perineales e inguinales de pacientes ingresados en 7 unidades de cuidados intensivos, entre febrero y abril de 2016, en Guayaquil, Ecuador. Para el procesamiento, se utilizó el protocolo de laboratorio del CDC y CHROMOMagar mSuperCARBATM y PCR para confirmar carbapenemasas. El análisis genotípico se realizó mediante MLST y electroforesis de campo pulsado (PFEG). Se realizó análisis univariado y multivariado para determinar riesgo, así como análisis de coste. En un Hospital de Granada, España, se incluyeron pacientes con aislamientos positivos para Klebsiella pneumoniae blaKPC-3 ST 258, detectados entre octubre 2015 y marzo 2017; la sensibilidad antimicrobiana se determinó usando MicroScan y difusión en agar. Se usó PCR para codificar a los genes productores de carbapenemasas y MLST para la relación genética entre los aislados. En el hospital Virgen de las Nieves de Granada, España, se realizó un estudio transversal, retrospectivo de pacientes hospitalizados entre enero del 2016 y diciembre del 2019. Los aislamientos fueron caracterizados mediante MicroScan y espectrometría de masas, aplicando los puntos de corte EUCAST 2018. La detección de carbapenemasas se realizó mediante PCR y secuenciación Sanger; se asignó el secuenciotipo mediante MLST. La relación genética entre los aislados se hizo mediante PFEG usando las enzimas Xbal, Spel o Apal. Resultados: En Ecuador, el agar mSuper CARBATM mostró una sensibilidad del 93,05% y especificidad del 96.21% para la detección de EPC. Se incluyeron 665 pacientes, 255 colonizados/infectados por EPC y una prevalencia del 37,67%. K. pneumoniae blaKPC fue el microorganismo predominante. ST 258 fue el más frecuente. Los factores de riesgo independientes para la adquisición de EPC fueron: estancia prolongada en UCI (p <0,01), traqueotomía (p <0,01), hospitalización previa (p <0,01) y uso de vancomicina (p<0,01) y de macrólidos (p<0,01). En España se incluyeron 23 individuos con aislamientos de KPC-3 ST258, estos sólo fueron sensibles a gentamicina (CMI ≤ 2 mg/l), tigeciclina (CMI ≤ 1 mg/l) y colistina (CMI ≤ 2 mg/l). El gen blaKPC-3 estaba flanqueado por las secuencias de inserción Kpn6 y Kpn7 dentro Isoforma del transposón Tn4401a. En el estudio de colonización de bacterias gram-negativas resistentes a carbapenémicos (BRC), realizado en el hospital Virgen de las Nieves, en Granada, se detectaron 308 (10,7%) frotis rectales (FR) y 50 (8,9%) frotis faríngeos (FF) positivos. El FR mostró una sensibilidad del 85%, especificidad del 100%, VPP 100% y VPN 97% para la detección de colonización. De los pacientes con tomas simultáneas de FR y FF, 41(40,6%) tuvieron positividad en ambos frotis, 45(44,6%) sólo en FR y 15 (14,9%) sólo en FF. En el 81,3%(n=13) de los episodios la colonización precedió a la infección (p<0,001; χ2) y en todos en los que se conservó la información de pulsotipo los aislados de las muestras clínicas y de los frotis fueron similares. Conclusiones: El agar mSuper CARBATM es una alternativa útil y asequible para la detección de EPC.. Existe una alta prevalencia de EPC en las UCIs en Guayaquil, Ecuador y K. pneumoniae blaKPC es el microorganismo más frecuente. El uso de macrólidos y vancomicina se deben considerar como nuevos factores de riesgo para adquirir EPC. A su vez, se comunica por primera vez un brote de K. pneumoniae productor KPC-3 ST 258 en España. La probabilidad de predecir la infección a través del colonizado por BRC en diferentes muestras clínicas es factible, teniendo el FR una mayor sensibilidad para detectar colonización.